Lý Thời Trân là người Kỳ Chân (nay là tỉnh Hồ Bắc). Ông sinh năm 13 Vũ Tông Chính Đức thời nhà Minh (năm 1518). Nhà ông nhiều đời làm nghề y. Ông nội ông làm nghề bán thuốc rong, ông đi khắp hang cùng ngõ hẻm tay cầm chuông lắc để bán thuốc chữa bệnh nên người ta gọi ông là “y chuông". Vì địa vị của “y chuông" rất nhỏ bé nên cha của Lý Thời Trân là Lý Văn Ngôn quyết tâm học hành hy vọng làm một chức quan nào đó. Nhưng sau khi đỗ tú tài ông lại không thi đậu cử nhân. Để kiếm sống Lý Văn Ngôn đành kế nghiệp cha làm nghề y.
Lúc nhỏ Lý Thời Trân rất ốm yếu và đã mắc bệnh lao phổi, may là bố ông có y thuật cao siêu, cho uống rất nhiều thuốc nên đã cứu sống ông. Cũng nhờ thế mà Lý Thời Trân rất say mê đọc các sách y dược và thường theo cha lên núi hái thuốc.
Năm ông 12 tuổi, bố ông hạ quyết tâm, bắt Lý Thời Trân học thuộc bát cổ văn (văn tế) để thi lấy công danh. Lý Thời Trân không muốn bố thất vọng đành phải theo lời bố học bát cổ văn, nhưng đối với ông bát cổ văn không gây cho ông một hứng thú gì, ông chỉ uốn làm một thầy thuốc dân gian như cha. Vì thế ông cứ lén lút xem sách y dược. Khi bố khám bệnh, ông mượn cớ ngồi bên cạnh xem. Cứ thế, những việc làm đó đã ảnh hưởng rất lớn đến việc học y của ông.
Năm lên 14 tuổi, ông đỗ tú tài, bố ông rất vui mừng và bảo ông tiếp tục học bát cổ văn, nhưng Lý Thời Trân vẫn cứ như cũ, âm thầm học y. Kết quả là ba lần ra tỉnh thành thi cử ông đều không đậu.
Lần thứ ba thi cử, lúc này ông đã 23 tuổi rồi. Trên đường về nhà, Lý Thời Trân nói với cha: “Con thật có lỗi với cha, ba lần thi liên tục đều thất bại, cha không vui nữa rồi".
Lý Văn Ngôn lắc đầu, thở dài nói: “Xem ra họ nhà Lý chúng ta không làm quan nổi".
Lý Thời Trân nói: “Năm nay con đã 23 tuổi rồi, không thể để cha mẹ nhọc nhằn lo nghĩ, xin hãy để cho con theo học nghề y của cha".
Lý Văn Ngôn nói: “Thực ra cha cũng biết con muốn học nghề y, cũng thấy con có năng khiếu học y. Nhưng họ nhà Lý ta mấy đời làm nghề y, mấy đời đều khổ cực, cha cũng không muốn con phải như vậy mới bảo con theo đường công danh. Đến nay con vẫn một lòng học y, làm cha, ta cũng không ngăn cản con nữa, con theo cha học nghề y thôi".
Là như vậy, Lý Thời Trân chính thức treo biển hành nghề.